Die Projektauswahl ist in allen Ländern abgeschlossen. Grundsätzlich war das Partnerland für die Auswahl geeigneter Projekte zuständig. Die Schweiz prüfte die Projektanträge und entschied über die Finanzierung.

Viele Länder wählten die Projekte im Wettbewerbsverfahren aus. Öffentliche Institutionen in den Partnerstaaten (z.B. Gemeinden, regionale und nationale Behörden oder internationale Organisationen) konnten Projektanträge einreichen. In der Regel unterstützte ein beratendes Komitee bestehend aus Fachministerien, Nichtregierungsorganisationen, Regionen oder Sozialpartnern die Auswahl der Projektvorschläge.

Die von Partnerländern genehmigten Projektanträge wurden gemäss Themenbereich an die DEZA oder das SECO weitergeleitet. Die DEZA und das SECO prüften die Projektanträge, nahmen die definitive Auswahl der Projekte vor und entschieden über die Finanzierung. Dabei wurden sie teilweise von externen Expertinnen und Experten unterstützt. In der Projektgenehmigungsphase war es der Schweiz auch ein Anliegen, Schweizer Partnerinstitutionen für die Projekte zu gewinnen und so den Erfahrungsaustausch zu fördern.

In Rumänien und Bulgarien arbeitet die DEZA über sogenannte Thematische Fonds. Diese werden in der Regel von Schweizer Fondsverwaltern betreut, welche mittels öffentlicher Ausschreibungen ausgewählt wurden. Projektanträge waren an diese Fondsverwalter zu richten, die sie zuhanden der Nationalen Koordinationsstelle und der DEZA analysierten. Die zu erfüllenden Anforderungen und Kriterien wurden in lokalen Aufrufen zur Eingabe von Projektideen bekanntgegeben.