Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt des EDA hat die Aufsicht über die Schweizer Handelsflotte. Die Schiffe befinden sich in privatem Eigentum. Der Bund kann sie jedoch in Krisen- und Kriegszeiten in den Dienst der wirtschaftlichen Landesversorgung stellen.

Die Schweiz verfügt über eine maritime Handelsflotte, die vom Schweizerischen Seeschifffahrtsamt (SSA) des Eidgenössischen Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA) betreut wird. Das SSA mit Sitz in Basel führt auch ein Register für alle schweizerischen Hochseejachten und Kleinboote.

Auf dem Rhein und seinen Nebenflüssen geniesst die Schweiz Schifffahrtsfreiheit und damit einen abgabenfreien Zugang zum Meer. Sie ist Mitglied der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR) mit Sitz in Strassburg.