L’Ufficio svizzero della navigazione marittima del DFAE soprintende alla flotta commerciale marittima della Svizzera. Le navi sono di proprietà privata, ma in caso di guerra o di crisi la Confederazione ha la facoltà di metterle al servizio dell’approvvigionamento economico del Paese.

L'Ufficio svizzero della navigazione marittima (USNM) del DFAE esercita la vigilanza amministrativa, operativa e tecnica in qualità di autorità competente dello Stato di bandiera e di autorizzazione per le navi mercantili svizzere d'alto mare, i loro operatori ed equipaggi, nonché per la navigazione da diporto e il tempo libero sotto bandiera svizzera in mare. A questo scopo, la USNM, che ha sede a Basilea, tiene tra l'altro anche il registro degli yacht svizzeri d'alto mare e delle imbarcazioni piccole e costiere, mentre il registro delle navi mercantili d'alto mare (Registro svizzero della navigazione) è tenuto dall'Ufficio del registro fondiario e della misurazione del Cantone di Basilea Città.

L'USNM rappresenta anche gli interessi della Svizzera nel campo della navigazione internazionale in diversi organismi internazionali che si occupano di navigazione, in particolare l'Organizzazione marittima internazionale (IMO) a Londra e la Commissione centrale per la navigazione sul Reno (CCNR) a Strasburgo. L'USNM impiega un piccolo team di 8 specialisti tecnici e avvocati.