Несмотря на тенденцию к улучшению, основные показатели здоровья таджикского населения остаются самыми слабыми в Европейском регионе ВОЗ. Недоедание и передаваемые через воду заболевания являются другими серьезными проблемами по всей стране, особенно в сельских районах. Сектор здравоохранения страдает от недофинансирования, несовершенства законов, унаследованных от Советского Союза. Большинство медицинских учреждений имеют избыточные койки и находятся в собственности и управлении государственного сектора. Поскольку советская система была ориентирована на подготовку узких специалистов, в стране не хватает семейных врачей.
В стране реализуется Национальная стратегия здравоохранения (2010–2020 годы), целью которой является реформирование системы и смещение акцента с госпитальной службы на первичную медико-санитарную. Швейцария поддерживает данную реформу, в сотрудничестве с Министерством здравоохранения и социального обеспечения Таджикистана, внося вклад в усиление профессиональной подготовки медицинских работников и оказывая помощь в обновлении медицинских учреждений.
