En 1960, l'île a obtenu son indépendance de la France. La Suisse a immédiatement reconnu le jeune Etat. Les relations diplomatiques ont été établies une année plus tard.
Après avoir maintenu un Consulat général à Antananarivo pendant les premières années de l’indépendance, la Suisse a ouvert une Ambassade longtemps dirigée par des Chargés d’affaires et depuis 2007 par un Ambassadeur résident.
En 1998, la DDC a fermé son bureau de coopération à Antananarivo. En 2001, elle a lancé un programme spécial pour la bonne gouvernance et la promotion de l'économie locale qui se poursuit sous une forme nouvelle depuis 2013.
Madagascar, Dictionnaire historique de la Suisse
Documents diplomatiques de la Suisse, Dodis