La Suisse a reconnu le Burundi le jour même de sa déclaration d'indépendance en 1962. Un consulat suisse existait à Bujumbura, de 1972 à 1990.
Un accord bilatéral de coopération au développement est signé en 1969. Il a permis à la Suisse d’investir dans divers projets en lien avec les infrastructures, l'artisanat, la santé, le logement social et l'agriculture.
Les massacres de 1972 et 1988 ont abouti à la suspension de l'aide suisse au développement, qui s'est limitée à l'aide humanitaire à partir des années 1990. En 2006, le Burundi a été inclus au nouveau programme de coopération au développement de la région des Grands lacs d'Afrique orientale.
Burundi, Dictionnaire historique de la Suisse
Documents diplomatiques de la Suisse, Dodis